Se obter mais recursos e melhorar o desempenho era simplesmente uma questão de usar um software diferente, todos estariam fazendo isso (pelo menos as poucas pessoas ainda trabalhando em TI);
Se você precisar de suporte a ACID - então por que tentar o mongoDB?
É bem possível obter a taxa de transferência desejada com o innodb (mas o myisam é mais rápido), desde que você gaste o suficiente em hardware e ajuste o sistema corretamente. Mas a primeira restrição é minimizar o uso do espaço, o que implica que você não tem orçamento para comprar um conjunto de RAID SSD.
can cause data loss on crashes
Eu já vi perdas de dados em falhas no Oracle e Sybase - mas sim, em teoria, elas devem ser mais resilientes. Eu costumava gastar algum tempo, esforço e dinheiro evitando o acidente em primeiro lugar (servidor dedicado, usando hardware de qualidade razoável, UPS, software estável).
Even SQLITE3 DB is VERY VERY SLOW
O SQLite é particularmente sensível ao sistema de arquivos subjacente (mas isso afetará todos os bancos de dados). O fato de você não mencionar o sistema de arquivos (ou até mesmo em qual sistema operacional está rodando) me faz pensar que você não gastou muito tempo tentando ajustar a instalação.
Se fosse eu, eu daria uma olhada no MariaDB - é uma bifurcação do mysql e inclui um mecanismo ISAM aprimorado ( Aria ) que possui alguns benefícios de desempenho e suporta transações. (rodando no linux, usando o xfs com nobarriers e o scheduler de prazo).
Mas você precisa olhar para o seu hardware para realmente voar.