Uma grande desvantagem de usar um proxy transparente é que você não consegue forçar os usuários a autenticar antes de obter acesso sem recorrer a algo mais complexo como um portal cativo:
Você corre o risco de quebrar várias ferramentas que não têm problemas para executar corretamente configurado com um proxy comum e forçar seus usuários a usarem um navegador, mesmo que o trabalho deles não exija um.
Em uma veia relacionada, também é mais difícil usar as ACLs por usuário ou por grupo.
Se você não estiver interessado em autenticar seus usuários ou usar ACLs, talvez seja melhor usar um proxy transparente devido à facilidade de implantação (basicamente, nenhuma configuração necessária no cliente), é claro.