Espero que você já tenha colocado a partição afetada off-line, para evitar que os dados sejam gravados em cima dos dados excluídos.
Uma ferramenta útil que funcionou para mim no passado é extundelete . Remontar a partição afetada como somente leitura e, em seguida, usar extundelete para recuperar os dados.
Suponho que é inútil reiterar que a prevenção é sempre melhor que a cura. Mantenha backups diários pelo menos.