1 - > Está correto e é a forma mais limpa
2 - > Está correto, mas os pacotes podem estar quebrados ou algo assim. Depois disso, faça sudo apt-get autoremove
para limpar os pacotes desnecessários.
3 - > O mesmo que 2.
Meu favorito é a opção 1, mas se você precisar fazer isso rapidamente ou salvar configurações / dados ... faça 2 ou 3.
Atenciosamente!