Se o meu servidor de aplicativos for o Windows 2008 e meu servidor de banco de dados for o Windows 2003, estaria em desvantagem em relação a ambos no Windows 2008?
Do ponto de vista do aplicativo - não importa. O banco de dados deve ser abstraído do aplicativo o suficiente para que nenhuma dependência de plataforma tenha sido introduzida.
Do ponto de vista do gerenciamento / manutenção - eu prefiro que eles estejam na mesma edição do sistema operacional para que o gerenciamento de patches seja simplificado.
Não sei se isso é importante para você, mas o tráfego TCP entre as versões do Windows 6.x (WinVista, Win2008 / Win7) é muito mais eficaz do que o 2003, devido à nova pilha TCP. Se o seu aplicativo usa muitos dados e, portanto, gera muito tráfego de rede, você deve ver alguns ganhos de desempenho em uma plataforma completa de 2008, em comparação com uma plataforma mista de 2003/2008.
Em termos de segurança, eu acho que o servidor 2008 no servidor de banco de dados seria preferível, puramente devido ao fato de ser um sistema operacional mais novo e, portanto, se beneficiar de um pensamento mais recente e de práticas recomendadas nessa área. OK, não é um servidor voltado para a frente, e a configuração deve ser tal que apenas o tráfego do banco de dados em portas específicas do servidor de aplicativos possa acessá-lo, mas, ao mesmo tempo, é melhor não arriscar.