man apt , man apt-cache e man apt-get fornecem informações sobre manutenção de caching de pacotes.
Depois de atualizar o arquivo /etc/apt/sources.list , lembre-se de que as informações do pacote são armazenadas em vários locais e que apenas executando apt-get clean ou apt-get autoclean não limpará esses pacotes com problemas (você continuará recebendo um erro 404 para aqueles pacotes não encontrados). Você precisará limpar o cache de pacotes de:
/var/lib/apt/lists/
Storage area for state information for each package resource specified in
sources.list(5) Configuration Item: Dir::State::Lists.
Se você ls /var/lib/apt/lists/ verá uma lista dos recursos que estão causando os 404s. Também pode haver informações de pacote em /var/lib/apt/lists/partial/ . Pode ser necessário remover (como em rm foo-bar ) os pacotes que estão causando os 404s. Tenha cuidado para não remover aqueles que estão trabalhando.
Então, se você fizer um cd em /etc/apt , você verá sources.list.d . No meu caso eu apenas corri sources.list.d/* e isso removeu todos os pacotes quebrados (depois de verificar o conteúdo de sources.list.d/* , é claro).
Você pode executar apt-get check , apt-get autoclean e apt-get update na sequência e você deve sair limpo.
Se você estiver em dúvida sobre a convenção de nomenclatura dos pacotes no arquivo de lista, você sempre pode fazer man sources.list .