Se você tem uma instância micro executando um varietal linux, você pode facilmente usar as ferramentas Amazon Command Line para iniciar e parar a instância usando o crontab
para editar o arquivo crontab, execute o crontab -e para editá-lo e adicione uma linha como esta
(minute) (hour) (day of month) (month) (day of week) (command)
Então, por exemplo, se você quiser iniciar o servidor às 5h e parar o servidor às 22h todos os dias, você usaria
0 5 * * * ec2-start-instances [instance id]
0 22 * * * ec2-stop-instances [instance id]
onde você coloca o ID da instância que deseja iniciar e parar.
Você terá que instalar as ferramentas de linha de comando ec2. Você desejará atribuir um IP elástico às instâncias que deseja fazer, de modo que nenhuma configuração precise ser feita quando elas forem inicializadas, e qualquer aplicativo que esteja atingindo-as, ainda possa chegar lá.
Espero que isso ajude.