Para impedir que pacotes ICMP inacessíveis sejam enviados, você pode soltá-los usando o netfilter (iptables):
iptables -I OUTPUT -p icmp --icmp-type destination-unreachable -j DROP
Melhor prevenir que eles sejam gerados em primeiro lugar usando o alvo DROP no tráfego INPUT, ao invés de REJECT (ou nada onde a pilha de rede kernel irá criar uma resposta inacessível ao invés de netfilter)
Não acho que isso resolva seus problemas; você precisa identificar o impacto que o DDoS está tendo; é saturar a rede ou consumir recursos do sistema (CPU / memória, etc). Se é rede, então as respostas emudecer podem ajudar um pouco, mas você ainda terá os pacotes de entrada no fio.