Estou revisando os backups do sistema e estou imaginando: quais arquivos são importantes para sempre fazer backup em ambientes Windows Server 2003/2008?
As respostas a esta pergunta provavelmente se resumem à necessidade de fazer backup:
Estado do sistema.
Qualquer outro dado específico do aplicativo que você tenha.
Em alguns sistemas, provavelmente nem é necessário fazer o backup do estado do sistema. Como qualquer sistema de backup, o que você faz backup depende muito:
Quais dados são importantes para você;
Quanto tempo e espaço você precisa para executar backups; e
Quanto tempo é aceitável para decorrer até a recuperação completa.
Resposta curta: não faça backup do Windows em uma base arquivo a arquivo. Use as ferramentas certas.
Resposta longa: isso é totalmente obrigatório para o que você está executando. O IIS armazena sua configuração de maneira diferente do Gateway de Área de Trabalho Remota, por exemplo. Alguns serviços do Windows possuem bancos de dados internos, em que a cópia do arquivo pode ser totalmente inútil.
Existem muitos softwares que lidam com as coisas complicadas para você e permitem que você crie um backup do Windows Server sem muito esforço. Eu recomendo uma ferramenta que oferece a opção de uma restauração bare-metal, idealmente independente de hardware. Na extremidade inferior, as ofertas da Acronis são a sua melhor aposta. Para implantações maiores, usaria o Symantec Backup Exec.