Você pode usar find
para selecionar os arquivos que deseja alterar. E use o xargs para passar nomes de arquivos para o dos2unix.
find . -iname '*.tpl' | xargs dos2unix
Se você quiser limitar a busca aos dois diretórios ww1 e ww2, você pode usar o seguinte comando
find /var -iname '*.tpl' -regex '/var/ww[1,2]/.+' | xargs dos2unix