Que tal usar o DFS? Ele replicará arquivos entre servidores (já que foi para isso que foi projetado).
Conheço muitas ferramentas de sincronização de pastas para usuários de desktop (ou seja, Windows Live Sync )
Devo usá-los para sincronizar aplicativos entre servidores ou há uma solução mais empresarial?
Como seus servidores estão conectados? Você já tentou o Synctoy da Microsoft? Não tenho certeza se é "enterprisey" o suficiente para você, embora :) Para pequenas lojas está funcionando muito bem.
Robocopy é outra opção