Você precisa de uma solução de gerenciamento de sistemas. Essas (entre outras coisas) podem implantar software em computadores clientes.
Em um ambiente Windows, a escolha ideal seria o System Center Configuration Manager da Microsoft (também conhecido como SCCM), mas existem muitas outras soluções disponíveis.
Saiba, no entanto, que esses produtos são de nível corporativo e normalmente têm um preço adequado.
Se você precisar implantar pacotes MSI, também poderá usar os GPOs do Active Directory; eles são bastante limitados no que podem fazer, mas podem ser muito úteis.