O Apache processa o conteúdo dos subdiretórios de configuração na ordem de classificação alfanumérica (chamada corretamente de sequência de intercalação local, mas o Apache não usa essa terminologia).
Portanto, use nomes de arquivos para definir o pedido. Você pode prefixo ou sufixo todos os nomes de arquivos, ou apenas alguns deles, inventar nomes que classificam corretamente ou qualquer outra coisa que flutua o seu barco, desde que classifiquem corretamente. No entanto, eu pessoalmente prefiro usar prefixos porque está absolutamente claro o que você está fazendo.