Qual versão do ESX você está almejando (o que suponho significa que você usará os agentes do VMware Virtual Infrastructure para fazer backup de suas VMs). A segmentação de servidores 3.x exige o uso do VCB, o que significa ter um dispositivo de VM secundário que você executa como um proxy entre as VMs que recebem backup e o servidor de mídia do Backup Exec. Isso é suportado pelo BE 12.5 e pelo BE 2010
No entanto, o ESX 4 tem as novas APIs do vStorage. Essas novas APIs permitem que o software de backup segmente as VMs diretamente sem o proxy VCB. Na verdade, a VMware acabou de enviar um anúncio dizendo que iria depreciar completamente o VCB com a próxima versão do ESX, e depender exclusivamente das APIs. O BE 12.5 não suporta as APIs do vStorage e requer o uso do VCB para fazer backup de VMs. O BE 2010 tem o suporte de APIs necessário.
A desduplicação de dados parece ser impressionante, deve ter recurso. Reduza bastante o espaço em disco necessário para seus backups. Por último, você nunca mencionou se está sob suporte estendido e obtenha a atualização gratuita para 2010 de qualquer maneira. O custo é sempre um fator nessas decisões.
Estaremos mudando para 2010 por causa dos novos modelos de backup de VM. Os testes provavelmente começarão com isso em um mês ou mais.
Ainda não li nada sobre a estabilidade de 2010 (que parece ser o seu verdadeiro ponto de discórdia), seja boa ou ruim. Para cedo para dizer realmente, como não tem sido ainda em GA por um mês ainda. Eles têm feito testes beta privados em terceira pessoa desde setembro, então imagino que ele tenha pelo menos uma estabilidade razoável.