Se a sua instalação atual de inicialização dupla estiver funcionando corretamente agora, NÃO, isso não danificará a instalação do Windows quando você atualizar.
Note que primeiro você terá que atualizar para 11.10 e depois para 12.04. Você não poderá fazer upgrade direto de 11.04 para 12.04. Para informações adicionais, as seguintes perguntas e suas respostas serão úteis:
Alternativamente, você pode fazer uma instalação limpa de 12.04 sobre a sua instalação 11.04 existente. Isso também é possível e você pode ler as vantagens de fazer isso lendo as respostas para essa pergunta: Uma instalação limpa é melhor que a atualização?