Com alguns provedores de certificados SSL (Digicert como um), você pode gerar novas chaves privadas e CSRs para solicitar certificados em cada servidor. Isso permite manter chaves privadas separadas (e também gerar esses certificados para subdomínios usando Nomes Alternativos de Assunto). Isso aumenta a carga administrativa, mas diminui o risco de compartilhar uma única chave privada.