Você está procurando o comando específico para iniciar / parar o NTP no Linux e no Windows? Essas são diferentes em diferentes distribuições do Linux. Será algo como "/etc/init.d/ntpd stop" em alguns, diferente em outros, e não tenho certeza no Windows.
Existem duas maneiras de fazer isso e uma ressalva.
Método 1: Execute o NTP normalmente, mas pare-o para o benchmark.
Método 2: Não execute o NTP, mas execute o NTP no modo "one-shot" antes de o benchmark ser executado. (No linux seria "ntpdate SERVERNAME" no Unix / Linux ou [i think] "ntp -q" no windows)
O método 1 tem algumas vantagens em que o relógio estará correto todas as vezes que você não estiver executando benchmarks. O relógio também será definido com mais precisão para o benchmark. Ou seja, o NTP mantém o relógio com muita precisão, mesmo entre os pacotes NTP. Os pacotes NTP na rede são simplesmente ótimos ajustes. Entre pacotes O NTP usa a experiência passada para acelerar ou desacelerar o relógio do sistema. A desvantagem é que quando você inicia o NTP novamente, ele se recusará a iniciar se o relógio estiver muito longe. Isso não é um bug, ele faz isso de propósito para evitar a sincronização com um servidor que está indo mal. Para evitar isso, faça um "ntpdate" ou "ntp -q" antes de reiniciar o NTP.
O método 2 tem a vantagem de ser mais simples de implementar. No entanto, o relógio não será muito preciso. O modo "one shot" não define o relógio com a mesma precisão que o NTP. É principalmente para consertar um relógio distante antes de iniciar o NTP (veja acima). No entanto, se o seu benchmark tiver que ser preciso até cerca de 1/10 de segundo, você estará bem.
A ressalva é que os benchmarks podem não estar comparando com o que você acha que eles estão fazendo benchmarking se você desligar o NTP. O relógio do computador vai deriva sem NTP rodando constantemente. Tudo bem se você está avaliando o quanto de drift o computador tem, mas não muito mais.(E eu deveria notar ... a tendência será diferente não apenas da marca para a marca, mas entre máquinas específicas.)
HTH!