Eu uso a Diretiva de Grupo do Active Directory para isso. A política de instalação de software e os modelos administrativos fazem a maior parte do que preciso. Eu escrevo scripts quando preciso de mais funcionalidades (considero o script muito "maduro", pessoalmente).
O Microsoft System Center Configuration Manager é uma solução "pesada" para o gerenciamento de configurações do Windows, mas, por isso, não fiquei impressionado com o "ROI" versus usar apenas a funcionalidade integrada do Active Directory. Eu prefiro escrever um script para fazer o que eu quero do que ficar preso em um canto com a funcionalidade do SCCM que, em última análise, acabo tendo que personalizar com scripts de qualquer maneira.
Tenho como meta que 100% da configuração do computador e do servidor e do desktop sejam todos gerenciados pela Diretiva de Grupo. Geralmente, no entanto, há uma linha que eu desenho para software ou configuração que precisa ser executada em um pequeno número de computadores (normalmente 5 ou menos), onde configurarei as coisas manualmente. (Isso realmente depende se eu precisarei ou não escalar além de um pequeno número de computadores e qual seria o trabalho de implantar uma solução repetível.)