Primeiro de tudo, eu não acho que você pode no ESXi, a menos que você esteja no modo não suportado. Eu fiz isso no ESX algumas vezes, mas a maneira recomendada de fazer backup dos arquivos do esxi é pela rede, usando o cliente vSphere. Se for possível seguir esse caminho, é muito mais fácil.
Com isso dito. Formate o disco com ext3 (você só tem suporte de leitura para NTFS, e FAT32 não é bom com arquivos grandes). Conecte a unidade.
tail /var/log/dmesg
Deve informar o nome da unidade. Crie um ponto de montagem e monte-o, especificando o fs correto
mkdir /mnt/usb
mount /dev/<device_name> /mnt/usb -t ext3
Você provavelmente terá que usar o vmkstools para exportar os arquivos.