Para executar o SQL Server 2008 no Windows Server 2008 R2, você precisa instalar o SQL Server 2008 SP1 . Você pode instalar isso após o fato ou criar um ponto de instalação corrigido.
Consulte Suporte da Microsoft: Como atualizar ou corrigir uma instalação do SQL Server 2008
Eu uso um ponto de instalação corrigido e executo o setup.exe a partir da linha de comando - isso é muito mais rápido, já que você não precisa clicar no assistente de configuração nem esperar que os arquivos do 'Setup Support' sejam instalados.
Basta abrir um prompt de comando elevado e executar esse comando para instalar o SQL, o Analysis Services, o Reporting Services, o SQL Management Studio e BIDS em aproximadamente 15 minutos:
C:\SQL2008SP1Slipstreamed\Setup.exe /q
/ACTION=Install
/FEATURES=SQL,FullText,AS,RS,Tools
/INSTANCENAME=MSSQLSERVER
/SQLSVCACCOUNT="NT Authority\Network
Service" /RSSVCACCOUNT="NT
Authority\Network Service"
/ASSVCACCOUNT="NT Authority\Network
Service" /AGTSVCACCOUNT="NT
Authority\Network Service"
/SQLSVCStartuptype=2
/RSSVCStartupType=2
/ASSVCSTARTUPTYPE=2
/AGTSVCSTARTUPTYPE=2
/BROWSERSVCStartupType=2
/SQLSYSADMINACCOUNTS="Builtin\Administrators"
/ASSYSADMINACCOUNTS="Builtin\Administrators"
/SQMREPORTING=1 /ERRORREPORTING=1
/INDICATEPROGRESS