O Robocopy terá que enumerar todos os arquivos locais e remotos primeiro, para determinar quais precisam ser transferidos. É mais provável que isso esteja demorando.
E se você redefinir o atributo Arquivo de arquivamento após um backup bem-sucedido:
attrib -a /s *
Em seguida, toda vez que um arquivo for gravado, o bit de arquivamento será definido automaticamente. Da próxima vez, você pode dizer ao Robocopy para arquivar apenas arquivos com o sinalizador A:
robocopy source destination /mir /a
Eu não testei isso, mas acredito que deve ser mais rápido, pois o Robocopy terá muito menos arquivos para processar.
Outra ideia seria executar um trabalho agendado no servidor remoto (se isso for possível) para zipar toda a estrutura de diretório e depois copiar o arquivo zip resultante sobre a VPN. O XML compactará bem e a cópia de um único arquivo será muito mais eficiente em um link de alta latência.