Basta especificar o que você quer no nível atual (e subseqüentemente). Se você quer tudo desativado apenas:
Options None
Ou se você quiser desativar recursos específicos, por exemplo:
Options -Index -ExecCGI
Ou se você quiser ativar diretivas adicionais:
Options +Includes
Se você quiser apenas um recurso ativado, é muito bom e legível se você for explícito sobre isso:
Options None +FollowSymLinks