Você deu uma olhada neste tópico?
Alguém pode me dizer como chroot usuários de FTP com o Virtualmin, se for possível.
Você deu uma olhada neste tópico?
O que você quer não é na verdade um chroot. Você quer a configuração DefaultRoot no ProFTPd.
Você pode definir isso no Virtualmin navegando até Webmin > Servidores > Servidor ProFTPd > Arquivos e diretórios e definir a opção "Limitar usuários a diretórios" para "Diretório pessoal". Salve e clique em "Aplicar alterações" no canto superior direito.