Eu prefiro uma solução dupla - Não "personalizar muito" PCs para usuários individuais, e ter computadores de reposição prontos para serem usados.
Se você está trabalhando em uma organização grande o suficiente para precisar fazer DR para centenas de PCs, acho chocante que você esteja permitindo que as pessoas usem PCs "altamente personalizados". Eu acho que seus custos de suporte de desktop estariam te comendo vivo.
Eu implanto configurações limpas de fábrica que são modificadas pelos scripts de inicialização ao ingressar no domínio do Active Directory e, em seguida, carrego o software sobre elas por meio da diretiva de grupo. Se eu precisar "DR" de um PC, basta colocar um computador na mesa com uma imagem limpa de fábrica e juntá-lo ao domínio, ou recriar a imagem do PC existente com uma nova imagem de fábrica.
Se você tiver para fazer isso, você pode olhar para "Clonezilla Server Edition" ( link ). É uma solução de código aberto que pode inicializar o PXE e clonar volumes NTFS / imagens de transmissão multicast, etc.