Algumas das coisas que você está fazendo parecem ser cobertas por uma combinação de um sistema de gerenciamento de configurações (como o fantoche ) e um sistema de controle de mudanças (como subversão).
Ao adicionar, remover, modificar pacotes, você os faz através do sistema fantoche; você então verifica suas mudanças de configuração, e registra o que mudou e por quê.
Isso permite não apenas reproduzir um sistema, mas também permite que você o reproduza a qualquer momento. Você também pode controlar mais do que apenas os arquivos do pacote; você pode controlar todos os arquivos de configuração em seu sistema.