DocumentRoot é uma diretiva padrão do Apache. Dependendo do contexto em que é usado, ele define a raiz global do documento ou a raiz do documento de um host virtual para um caminho fixo.
VirtualDocumentRoot é uma diretiva para o módulo do Apache mod_vhost_alias. Ele define a raiz do documento como um caminho dinâmico que pode conter variáveis que são avaliadas quando uma solicitação real é manipulada. Dessa forma, o documento efetivo root pode depender do nome do host e do número de porta reais solicitados, sem definir hosts virtuais separados para todas as combinações.