O Banco de Dados Interno do Windows é uma versão "incorporada" do SQL Server Express, que está disponível como um componente do Windows no Windows Server 2008 e no Windows Server 2008 R2; ele é usado apenas por alguns aplicativos da Microsoft e somente se você configurá-los para usá-lo em vez de uma instância "verdadeira" do SQL Server.
Os aplicativos que podem usar o WID são atualmente dois: o Windows SharePoint Services e o WSUS (Windows Server Update Services).
Você está executando um ou os dois no servidor? Você provavelmente está, caso contrário, o WID não estaria funcionando; se você não usá-los, desabilite (ou melhor, desinstale-os) e essa instância WID não o incomodará mais.