Você não forneceu nenhuma informação sobre as interfaces que você vai usar com o link de fibra, então estou supondo que isso seja 1gbit.
Se os switches que você vai usar tiverem interfaces de cobre de 1gbit, então não é problema fazer o trunk entre eles, esta é a maneira normal de conectar switches que possuem vários uplinks.
No entanto, preciso avisá-lo - se esses comutadores centrais tiverem apenas dois slots de fibra cada um, o que você fará se um dos comutadores descer? Como você não tem mais de um link para cada edifício, sugiro que você obtenha comutadores centrais com portas (sfp) suficientes para carregar todos os links de fibra, ou obtenha mais links entre os prédios para construir uma topologia em anel - como esta :
HQN
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B1----B2---HQS
(O link entre o HQ North e o Building 2 seria realmente opcional)
Isso garantiria que qualquer link único pudesse ser desativado sem interromper a rede. O próximo passo seria projetar o STP etc, mas isso está fora do escopo desta questão.