A) Use o software de lista negra ou configure políticas no AD para bloquear o executável do Skype.
B) Use um firewall que possa fazer a inspeção profunda de pacotes e bloquear o tráfego.
C) Use seu servidor DNS para envenenar intencionalmente as solicitações para o skype.com e seus servidores associados, para evitar que o Skype se conecte.
D) Use programas de auditoria de software e periodicamente obtenha um relatório que lhe dirá quem tem skype instalado e, por meio da política da empresa, lembre-os de que é uma ofensa se instalar repetidamente software em computadores da empresa.
E) Remova privilégios para usuários que permitem a instalação de software sem acesso administrativo.