Sim, é seguro. O Ubuntu desmonta a partição NTFS durante o desligamento. Você também pode configurar sua partição NTFS para montagem automática para que você não queira montá-la sempre que fizer logon.
Para montar automaticamente partições ntfs no Ubuntu, você deve instalar ntfs-config
sudo apt-get install ntfs-config
Você também pode editar seu arquivo fstab para montar automaticamente sua partição NTFS, mas pode ser um pouco confuso para um iniciante.Veja o post abaixo para editar seu arquivo fstab para montar automaticamente sua partição NTFS, mas tenha certeza do que está fazendo está certo.