É possível que o script de inicialização que você está usando para iniciar o nagios esteja alimentando um arquivo conf diferente do que você está usando com o teste manual 'nagios -v /path/to/nagios.cfg'.
Isso pode acontecer se, por exemplo, alguém inicia uma caixa de nagios instalando / compilando a partir do código-fonte, mas abandona isso e usa um pacote de distribuição, resultando em vários nagios confs em vários lugares.
Além disso, o conf parser para nagios é um tanto idiota; O passo "verificar" só procura por problemas óbvios como erros de digitação, mas felizmente permite que você deixe de lado alguns atributos "obrigatórios".
Seria útil colar a saída exata que você vê ao tentar iniciar nagios usando seu método normal.