Isso é algo que eu acho que vou começar a chamar o "Efeito Linux" em Java. Quando você usa o instalador de pacotes para aplicativos baseados em Java e Java, os aplicativos são instalados de acordo com os padrões gerais do Linux: / etc para config, / usr para binários, / bin para executáveis, etc. Ele espalha os bits de tal forma que eu nunca dei o salto para entender como tudo está organizado. Como desenvolvedor Java trabalhando tanto com o RHEL quanto com o Ubuntu, nunca uso o instalador de pacotes para qualquer aplicativo JDK ou Java - especialmente desde então, eu teria que lembrar onde as coisas estão em duas distribuições. Como você disse, a maioria dos aplicativos Java é um simples "baixar e extrair para ..." para executá-los. Então está tudo em um só lugar, e não há dúvidas sobre onde procurar as coisas.