O problema não é o limite de identificadores de arquivo. Isso seria erro 24, não 13. O problema é o que diz: permissões. Eu já vi isso dezenas de vezes, e mesmo quando as pessoas pensam que tudo está configurado corretamente e tem as permissões certas, ele é permissões, toda vez, e alguém sempre descobre que eles perderam alguma coisa :) Você tem permissões definidas errado ou você tem algo parecido com o seguinte:
- Há um conjunto de permissões estranho em um diretório de nível superior, como / sendo restrito. (Isso às vezes é importante).
- Você tem outro processo, como duas instâncias do mysqld, em execução e interferindo nos privilégios.
- O SELinux ou o AppArmor está interferindo.
Você "resolveu" o problema removendo um grande número de tabelas - não acho que isso seja realmente uma solução. Você provavelmente acabou de remover algumas tabelas que tinham permissões erradas definidas nelas:)