Eu posso ver valores diferentes de CPU MHz aqui:
model name : Intel(R) Xeon(R) CPU E3110 @ 3.00GHz stepping : 6 cpu MHz : 2000.000
O modelo diz 3GHz e cpu MHz dizem 2GHz, mas
dmesg | grep MHz
diga
CPU0: Intel(R) Xeon(R) CPU
E3110 @ 3.00GHz stepping 06 CPU1: Intel(R) Xeon(R) CPU E3110 @ 3.00GHz stepping 06
Por que há 2GHz mostrado?
O seu CPU e sistema operativo estão a utilizar a tecnologia SpeedStep da Intel. Isso permite que a CPU varie dinamicamente sua velocidade dependendo da carga, etc.
O 3GHz que você vê é o máximo que sua CPU é capaz e a quantidade de 2GHz é o que está sendo executado atualmente.
Em que kernel você está? Houve problemas em relatar as velocidades da CPU com algumas versões anteriores - basicamente, relacionadas às tecnologias de gerenciamento de energia da CPU - você pode descobrir que tem algumas configurações em sua BIOS.