Tom -
Eu recomendo deixar root desativado via FTP (como parece ser agora). Habilitar isso pode deixá-lo aberto a ataques de força bruta e eventual comprometimento do servidor se sua senha root for fraca. Mesmo que sua senha não seja fraca, a probabilidade de comprometimento ainda está lá (mas levaria mais tempo).
Se você realmente precisa de acesso root ao seu servidor através de um cliente FTP-ish, você pode querer considerar o uso de SFTP via ssh para isso. Habilitar o acesso root via SFTP também não é uma boa idéia, mas você pode reforçar um pouco sua segurança exigindo chaves para seus usuários ssh. Isso pode ser um pouco assustador para iniciantes, mas há um guia bastante breve e conciso que pode ajudá-lo: