Usando o Ubuntu Tweak, em Tweaks > Gerenciador de arquivos, defina "Abrir automaticamente uma pasta" para desativado.
Esta resposta veio de ... O Nautilus abre dispositivos em cada login
Como obter o Ubuntu Tweak. No terminal ...
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
Isso veio de ... link
Eu estava tendo este problema ao abrir volumes TrueCrypt e pensei que era um bug envolvendo TrueCrypt. Eu agora acredito que é um recurso projetado do Ubuntu.