Os Serviços de Terminal no Windows 2008 têm uma opção chamada RemoteApp que, basicamente, executa uma sessão completa de TS, mas traz apenas a janela do aplicativo de volta (sem as bordas TS padrão). Para um usuário, parece que o aplicativo é local, mas não é.
Eu acredito que a Citrix também suporta isso, em uma tecnologia chamada Seemless Window.
Existem outros softwares de área de trabalho remota que também o façam? Algo como VNC + Addon também é bom.