Se você quiser alterar as opções ./configure se for um pacote, precisará reconstruir o pacote. A maneira mais fácil de fazer isso é executar:
# apt-get install build-essential devscripts
# apt-get source php5
# cd php5-*
# vim debian/rules
# debuild -us -uc -b
Agora você deve encontrar os pacotes de reconstrução no diretório acima da fonte. Você pode instalá-los usando "dpkg -i php5_1.2.3-4_amd64.deb", onde o nome do arquivo é a lista de pacotes que você deseja instalar.