A razão é mais provável que o Sever 2003 R2 usa o SMB 1.0, enquanto o Server 2008 R2 usa o SMB 2.1 . O artigo vinculado tem uma tabela que mostra qual versão do protocolo você poderá usar com quais combinações cliente-servidor. Uma conexão com o Server 2003 R2 será sempre limitada ao SMB 1.0.
As versões mais recentes do protocolo SMB incluem muitos aprimoramentos de desempenho, precisamente porque o SMB, como inicialmente lançado, sofria de baixa taxa de transferência de dados.
Melhorias gerais na pilha de rede no Windows desde o Server 2003 R2 provavelmente também têm um impacto perceptível, mas o maior fator único será a diferença na versão SMB usada.