Alex,
Uma pergunta bastante aberta, mas, no final das contas, trata-se de carregar, recursos e tipos de aplicativos / aplicativos.
A coisa a ser cuidadosa é que quanto mais pools você cria (e você pode fazer quantos você quiser!) - você terá uma (meio) instância do IIS em execução para cada pool. Nós tínhamos um servidor IIS (win2k3) dedicado com 2Gb de memória e queríamos isolar um site errante (tínhamos cerca de 40 rodando neste servidor) - então isolamos cada um em seu próprio pool para tentar rastreá-lo. Ficamos sem memória - bem, a caixa ficou inutilizável devido à troca.
Existem algumas regras: - Diferentes versões .Net, ou seja, 1.0 vs 2.0 / 3 / 3.5 precisarão ser executadas em espaços separados. - A memória é sua amiga, quanto mais, melhor. - Como delanda diz - cuidado com a reciclagem (é uma aba de propriedade na piscina) - há algumas configurações bobas - meu favorito é: recicle depois de 23h (ou similar) - mude para um horário específico, ou seja, quando você não estiver lá / tempo de menos atividade.
Como regra, sempre usaríamos o Windows de 64 bits por causa do maior espaço de memória, mas você deve testar seu aplicativo - e todos os componentes - quanto à compatibilidade. A vantagem é que você pode colocar a quantidade de memória que quiser, já que o limite de 3 / 3.5Gb é o que você provavelmente atingirá com a maioria dos aplicativos modernos em execução no Windows Server.
Além disso, vale a pena conferir o MSDN e o Technet, já que a maioria dessas coisas está bem documentada.
Mike