É sempre uma boa idéia configurar o iptables, especialmente se as regras não mudarem.
O firewall da AWS pode oferecer a proteção necessária, mas sempre há uma chance de falha. Pode haver uma falha de serviço ou um problema de configuração. É melhor ter uma segunda linha de defesa. Com o iptables você não depende tanto do firewall da AWS, e você tem mais controle direto.
Claro que se as regras estão mudando dinamicamente, gerenciar o iptables pode se tornar um problema ... mas você também pode encontrar soluções para isso.