Aqui estão as diferenças,
O pacote fglrx contém a versão do driver disponível no release da distro.
O pacote fglrx-updates contém a versão mais recente do driver empacotada para o Ubuntu.
O download do site da AMD fornece o mais novo driver lançado.
Leva tempo para empacotar adequadamente as versões oficiais da AMD, então fglrx-updates pode nem sempre ser o mais novo lançamento. fglrx-updates é muitas vezes ainda muito recente, foi especificamente empacotado para o Ubuntu, e eu normalmente prefiro às outras opções. A única vez que você gostaria de ir para cima ou para baixo é quando surge uma situação específica.