O PAM é provavelmente a maneira de fazer isso. No entanto, tenha em mente que o PAM funciona como uma pilha de módulos, eles são executados e assim que alguém diz "sim, você está autenticado", você pode entrar. Você pode mexer com o pedido em algum arquivo de configuração pam não se lembra da mão). Uma vez que você fizer disso um módulo PAM, o lightdm irá usá-lo automaticamente para autenticação.