Esta provavelmente não é a melhor maneira de fazer backup e restaurar um sistema. Você deve se esforçar para incluir apenas apenas os itens necessários para um site ou aplicativo em funcionamento. Copiar binários e derrotar arquivos existentes é uma abordagem bastante drástica.
A coisa mais importante a verificar, no entanto, são as versões e versões específicas dos seus servidores de produção e desenvolvimento:
Por favor, forneça a saída de:
uname -a; cat /etc/issue
Compare o servidor de produção e seu servidor de destino de backup.
Se os lançamentos não são claramente da mesma versão, você pode estar encontrando problemas que são o resultado de incompatibilidades de versão ou arquitetura de CPU, e não algo inerentemente errado com o CentOS e Red Hat.
O CentOS e o RHEL são compatíveis entre versões semelhantes e arquiteturas.
Edit: Seus sistemas são de diferentes arquiteturas. Seu sistema de produção é de 64 bits, enquanto seu servidor de destino é de 32 bits. Isso não funcionará se você pretende copiar qualquer arquivo executável (binário). Se este for um aplicativo da web, você poderá conseguir mover o conteúdo dos diretórios da web ... mas faz sentido ter sistemas de origem / destino semelhantes.