O que você quer fazer pode ser alcançado precisamente com overlayfs . Com ele você pode pegar seu diretório / dir completo e outro diretório / notfull e montá-lo em / third-dir.
As leituras buscarão o / notfull no / full e as gravações irão para um terceiro diretório.
Dê uma olhada nos documentos, remonte o diretório completo para longe do nome de destino e use o overlayfs para recriar o destino desejado.