Não há como executar comandos em uma VM do Azure de fora da própria VM; também não há acesso ao console da VM. Este é um limite muito grande no Azure, infelizmente.
Se você se desconectar acidentalmente de uma VM, a única maneira de recuperá-la é baixando seu disco virtual e executando-o em um servidor Hyper-V local, onde é possível obter acesso ao console e corrigir o que estiver errado; ou, se o problema puder ser corrigido offline (por exemplo, editando um arquivo de configuração), você poderá anexar o disco a outra VM do Azure e trabalhar nele a partir daí.