Diferentes tipos de grupos têm diferentes "visibilidade" em ambientes com vários domínios e várias florestas, como você encontrou ( Microsoft pode fornecer mais detalhes ). Grupos globais, por exemplo, são apenas "visíveis" dentro do domínio em que residem e só podem conter usuários desse domínio (por causa de como os identificadores de segurança dos usuários membros são armazenados).
As diretrizes de práticas recomendadas da Microsoft são as seguintes:
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Crie um grupo global em cada domínio para conter membros desse domínio correspondentes a uma função de trabalho
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Crie um grupo local de domínio no domínio com o recurso a ser controlado e conceda as permissões do grupo local de domínio ao recurso
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Aninhe os grupos globais de cada domínio no grupo local de domínio
Em alguns cenários, um grupo universal também pode ser usado (quando os recursos a serem gerenciados são distribuídos em vários domínios, geralmente).
Há algumas imagens interessantes (embora com uma proporção engraçada) neste tópico do fórum do Microsoft TechNet que pode fornecer algum conhecimento. Eu também aconselharia a olhar para o artigo da Wikipedia para formar um pouco mais sobre o assunto.