Coloque o rsync no treinador. Foi feito para este jogo.
Ele deve fazer exatamente o que você precisa; arquivos grandes só transferem partes alteradas, comparações de hash são feitas para evitar a transferência de arquivos inalterados. Você precisará de algum script ao redor de um túnel ssh, mas isso deve ser trivial. Ele deve ser instalado na maioria dos sistemas Linux já existentes, portanto, não é necessário instalar material extra.