Você está vendo algum problema específico nessa situação?
Eu recomendaria usar o sysprep em seu procedimento de implantação de um modelo, as "Especificações de personalização" do assistente de implantação de modelo farão isso para você.
Dito isto, os SIDs de máquina duplicados por si só não devem quebrar nada; os RIDs de domínio dos computadores já são diferentes uns dos outros porque foram unidos independentemente ao domínio. Veja este artigo para muita informação.