O DHCP e o DNS podem ser manipulados (e devem estar, se você estiver migrando) pelo AD.
Primeiras coisas primeiro ... Eu acho que sua pergunta é meio desordenada. Você precisa se sentar, analisar o estado de sua rede, identificar o que precisa ser feito e dividir as tarefas em partes gerenciáveis. Ninguém aqui conhece suas necessidades e configurações específicas, por isso não podemos simplesmente projetar uma rede para você.
Analise sua situação identificar o que precisa ser feito. Quebre as tarefas. Planeje como corrigir esses problemas. Implemente-o.
Faça perguntas individuais aqui para situações específicas à medida que elas surgem.
Também parece que você pode estar um pouco acima da sua cabeça ... não tenha medo de contratar consultores para entrar e lidar com algumas situações conforme necessário, como Holo disse. Mas TENHA TEMPO PARA APRENDER O QUE ELES ESTÃO FAZENDO, para que você não acabe confiando neles para tudo no futuro.